在少年三国志的后期阶段，武将搭配的核心在于平衡输出、防御和控制能力。高爆发型武将如关羽、吕布、马超等是输出的主力，他们的单体伤害能力极强，能在短时间内击溃敌方核心单位。群体伤害型武将如曹操、司马懿、周瑜等也至关重要，他们的范围技能能有效压制敌方整体血量。防御型武将如夏侯惇、张飞、典韦则能吸收大量伤害，保护后排输出。控制型武将如诸葛亮、刘备、孙权则通过眩晕、减怒等效果打乱敌方节奏。合理的阵容需要兼顾这些要素，根据敌方阵容灵活调整。
阵营加成和缘分系统在后期搭配中占据重要地位。同一阵营的武将组合能激活强大的属性加成，例如蜀国的五虎将组合（关羽、张飞、赵云、马超、黄忠）能大幅提升攻击和生命值。吴国的周瑜、小乔、孙策组合则能增强法术输出和控制效果。群雄阵营的吕布、貂蝉、左慈组合则以高爆发和闪避见长。武将之间的缘分关系也能提供额外属性加成，例如貂蝉和吕布同时上阵可大幅提升攻击力。在资源有限的情况下，优先培养能激活多缘分的核心武将，以最大化战力提升。
装备和法宝的强化是后期战力提升的关键。高品质装备如金装能显著提高武将的基础属性，而法宝则能提供特殊效果，例如增加暴击率或减少技能冷却时间。装备强化和精炼需要大量资源，建议优先分配给核心输出武将。法宝的获取途径包括副本、竞技场和活动，高级法宝如七宝玲珑塔、青龙偃月刀等能大幅增强武将技能效果。注意装备和法宝的搭配需符合武将特性，例如攻击型武将优先选择增加暴击和攻击力的装备，防御型武将则侧重生命值和防御加成。
团队副本和PVP玩法对后期阵容提出了不同要求。在团队副本如公会战、塔防战中，阵容的协作能力比个人实力更重要，因此需要均衡搭配输出、治疗和控制武将。诸葛亮和刘备的组合能提供稳定的控制和治疗，而关羽和张飞则能快速清理敌方单位。在PVP竞技场中，面对未知的敌方阵容，建议采用攻守兼备的均衡阵容，例如赵云（输出）、夏侯惇（防御）、孙权（控制）的组合，以应对各种突发情况。多参与竞技场战斗不仅能获取丰厚奖励，还能积累实战经验，优化阵容搭配。
资源管理和持续优化是后期发展的核心策略。后期资源消耗巨大，需合理分配体力、金币和元宝。优先挑战能掉落装备和法宝材料的副本，同时通过每日任务和活动积累资源。武将培养不宜过于分散，建议集中资源培养2-3名核心武将，再逐步提升辅助武将的强度。版本更新可能会调整武将平衡性，因此需关注游戏动态，及时调整阵容。若新版本强化了某一阵营的武将，可适当调整阵容以利用版本优势。
通过不断优化阵容和强化装备，玩家可以在少年三国志的后期阶段保持竞争力，应对各种挑战。
