伊索的飞行之旅是玩家探索天空王国的重要环节，启航点位于晨岛。初次进入游戏时，玩家将以透明小人的形象出现，通过系统指引学习基本操作，包括行走、跳跃、奔跑和飞翔。晨岛作为教学关卡，难度较低，但需要玩家熟悉操作方式，尤其是飞行技巧的掌握。光之翼是飞行的关键，玩家需要在场景中寻找并收集它们，以提升飞行能力。晨岛的光之翼分布在石洞出口、高台后侧等位置，收集后可以解锁更多动作和场景。
从晨岛出发后，玩家将进入云野，这是一片浩瀚的云海，中心坐落着一座神秘的宫殿。云野的飞行体验更加自由，玩家可以穿梭于风云之间，与白鸟为伴。在云野的探索过程中，玩家会遇到类似金字塔的建筑，其下方有蘑菇状物体，点燃后可以召唤白鸟，为飞行提供助力。云野的飞行不仅是为了到达目的地，更是为了欣赏沿途的美景和隐藏的彩蛋。飞行时贴近云层可以加速，合理利用地形和风力能显著提升飞行效率。
雨林是飞行之旅的第三个场景，这里的特殊机制是雨水会逐渐消减斗篷能量。玩家需要不断寻找并点亮道具，以恢复飞行能力。雨林中的飞行更具挑战性，玩家需注意能量的消耗与补充。靠近点亮过的小人或蝴蝶可以快速恢复能量，身边的玩家长按大叫也能加速能量补充。雨林的隐藏光之翼分布在树洞、高台等位置，收集它们可以进一步提升飞行能力，为后续的伊索之旅做好准备。
伊索的飞行之旅最终会引导玩家前往暴风眼和伊甸之眼，这两个区域是飞行技巧的终极考验。暴风眼中有飞石和狂风，玩家需避免跳跃或起飞，以免被击中或吹离路线。伊甸之眼则增加了红石和冥龙的威胁，飞行时需要格外谨慎。玩家需掌握直飞技巧，从石门缝隙处飞向最高建筑，以快速抵达献祭地点。完成伊索的飞行之旅后，玩家将进入重生阶段，开启新的探索循环。
